sexta-feira, 16 de janeiro de 2015

Allometric Fractals Theory

NelsoN F GomeS   -     More than 300 plates about  "Evolution of the MAMMALS"
Allometric Fractals Theory
Allometric Fractals

Thumb deficiencies are common congenital anomalies found in children.
They account for approximately 11% of all birth defects of hand.
This type of deficiency is the result of a process connected to "what I call" : peripheric embryonary variation.
It is identical to "what" happens with the "wisdom tooth"
varies in shape, size and occurrence .. "the absence" "the presence"
Evolution acts more in "embryological development" "than in the mutation of characters" "most molds by means of paedomorphosis" ... "most molds by means of action in embryonic development.
peripheric fingers are affected or eliminated in embryonic stages ... always in a certain order. finger 1,then 5, 2, 4 and finally 3...so there is much convergence in this sense.
always affecting the periphery ... fingers ... members ... ears .. tail.
Boa constrictor has the third toe ... the end of the reduction process .
Syndactyly is one of these events ... the fingers are "produced" still stuck and break off in the final process.
This explains the occurrence of convergences ...
We have a reduction in snakes members ... relates to evolutionary order of acquisition .... reversal!
It's a reversal development.
"This concept is a key to the understanding of the genome"
It's only a Synthesis, of what i think

A simple "looping" keeps the growth causing stretching, "in largest sequences".....metamerism.
Genetic Evolution of coordination, by the "timing".
Interdigital membranes developed in aquatic organisms and bats.
Paedomorfosis shortening steps, reducing sizes.
Apparently the size variation already exists as an ongoing manifestation.
Environmental changes will act in the selection.
Mutations are less important than previously thought.
The plasticity exists permanently in nature.
Also a selection more "thin" is at work all the time ...
But the significant changes require rapid extinction of "genetic pools"....creating a dramatic shift in the balance.
The environments are balanced as a whole ... all species are in a simultaneous process of coevolution.
It is an evolution of biomes ..."co-evolving organisms" .
Biogeography is directly linked with the evolution and dispersal.
Biogeography is a cut in evolutionary history, a picture, a frame of the planet's history.


Um simples "looping" mantem o crescimento provocando alongamentos, em sequências maiores.....metameria.
Evolução da coordenação genética, pelo "timing".
Membranas interdigitais se desenvolveram em organismos aquáticos e nos morcegos.
Pedomorfoses encurtando etapas, reduzindo tamanhos.
Aparentemente a variação de tamanho já existe como uma manifestação permanente.
As mudanças ambientais irão atuar na seleção.
As mutações são menos importantes do que se pensava.
A plasticidade já existe permanentemente na natureza.
Igualmente uma seleção mais "fina" está em ação o tempo todo...
Mas as mudanças significativas necessitam de extinção rápida de "pools" gênicos....
criando uma mudança drástica no balanceamento.
Os ambientes se equilibram como um todo...todas as espécies estão num processo de coevolução simultânea.
É uma evolução de biomas..."organismos co-evoluem".
A biogeografia está diretamente vinculada com a evolução e a dispersão.
A biogeografia é um corte numa história evolutiva, um retrato, um fotograma da história do planeta.


Embryonic structures that exhibit a looping [structures in series], such as vertebrae and teeth .... fingers .... members ... are eliminated and also increased in the "pattern of peripheral structures."
Priodontes [giant armadillo] and the Dolphins had an increase in the number of teeth ... along with the increase of the muzzle. There must be an association between the stretch and the repetitive structures.
The ends of the loopings are more affected ... there is an ORDER ... hindlimbs are "made ​​up" later. Posterior teeth too ... the growth of planctonics larvae... obeys the same law. All evolution of Crustacea ... is based on an embryologic variation.
"The ontogeny recapitulates phylogeny" ...because all evolution occurs in embryonic development ... there is a linkage..a embryonic induction...that has to be maintained
Probably during the process of paedomorphosis ... these continuities are "lost" that would explain the systematic errors that I see in the molecular phylogenies!

Genetic mutations exist all the time. But if the environment does not change the gene pool remains the same, i.e. There is NO EVOLUTION!
I believe it is possible to calculate a mutation rate!
But selection is something else, different of mutation, selection occurs only if the environment changes.
The rate of evolution is proportional to the rate of environmental change.
A different environment, produces a different selection pressure.
There is no relationship between "evolution rate" and "mutation rate".
What can exist is if the environment changes at a rate faster than the rate of mutation, there is still a manifestation of low genetic load, which will act, will be selected.
Until the mutation rate to take effect, a lot has rolled!!


Mutações genéticas existem o tempo todo. Mas se o ambiente não muda, o pool gênico permanece o mesmo,
ou seja, não há EVOLUÇÃO!
Acredito que seja possível calcular uma taxa de mutação!
Mas seleção é outra coisa, diferente de mutação, seleção só ocorre se o ambiente muda. A taxa de evolução é proporcional à taxa de mudança ambiental.
Não existe relação entre"taxa evolução" e "taxa de mutação".
O que pode existir é : se o ambiente muda numa taxa maior que a taxa de mutação, ainda existe a carga genética de manifestação baixa, que irá atuar, será selecionada.
Até a taxa de mutação fazer efeito, muita coisa já rolou!!!
As mutações não interferem rapidamente ...apenas ficam nas populações "por milênios" se não forem letais.
A evolução não espera por mutações ...não dá tempo!
As mutações trabalham a longo prazo! A seleção trabalha com as variações das populações!
A evolução é periférica! Justamente porque nas "pontas" do fractal embrionário são retidas inúmeras possibilidades que não interferem nas induções por serem terminais!


O Fractal Embrionário e a Cadeia Indutiva - Characters Cloud Theory
Crescimento e Alometria

Como funciona a EVOLUÇÃO ?
Quais são as regras para o AUMENTO DE TAMANHO ?
Quais são as regras da PEDOMORFOSE ?

Existe um fractal Alométrico, que é o "desdobramento do embrião" (a ontogênese)! A evolução atua nesse FRACTAL!
Esse Fractal é compartilhado por todos os Mamíferos....mas também por répteis, anfíbios, peixes...e aves.
Um Fractal ancestral ontogenético, que acumula novos ramos....ou perde ramos e se simplifica !
Uma versão preliminar da seqüência do genoma do ornitorrinco foi publicada na Nature em 08 de maio de 2008, revelando elementos tanto de répteis quanto de mamíferos, assim como dois genes encontrados anteriormente apenas em aves, anfíbios e peixes. Mais de 80% dos genes dos ornitorrinco são comuns a outros mamíferos cujos genomas foram sequenciados.

Warren, Wesley C.; Hillier, LW; Marshall Graves, JA; Birney, E; Ponting, CP; Grützner, F; Belov, K; Miller, W et al. (May 8, 2008). "Genome analysis of the platypus reveals unique signatures of evolution". Nature 453 (7192): 175–183.

O crescimento desse Fractal obedece as regras da Physis (NATUREZA)....obedece a leis que determinam uma arquitetura atrelada a uma estabilidade estrutural....O crescimento é alométrico devido a essas regras de estabilidade estrutural.
A seleção Natural irá trabalhar nos limites entre a economia de energia e essa necessidade de estabilidade estrutural.
O crescimento primário é o DESENVOLVIMENTO...........a formação do organismo, do embrião.
O crescimento secundário é aumento de tamanho depois que todas as partes se desenvolveram.

A evolução tem "duas vias preferenciais": redução de tamanho (pedomorfose) e Aumento de tamanho.
A diversidade de formas que existe na natureza está relacionada principalmente com essas duas vias.
As variações detectadas entre as espécies de um mesmo gênero, geralmente são pequenas variações dessas "vias". Uma variação nas proporções principalmente.
Tomando como exemplo a evolução dos felinos, podemos identificar as duas vias básicas da evolução.
Inicialmente o crânio sofreu uma pedomorfose: encurtamento do focinho, também as patas sofreram redução dos dedos (o pé dos felinos possui apenas 4 dedos), os dedos são curtos como nos fetos e a cauda é mais curta que nas ginetas. Numa segunda etapa houve o alongamento das pernas. Essa via está relacionada ao crescimento secundário, alongamento do corpo. Podemos dizer que dessa maneira "uma gineta deu origem a um gato".
A segunda etapa da evolução dos felinos consistiu simplesmente num aumento do tamanho do corpo.
Gradativamente os gatos aumentaram de tamanho, mas mantiveram a forma já estabelecida de um gato grande.

Monodelphis macae the most modified species of the genus

O gênero Monodelphis teve uma evolução bem diferente dos Felidae. Proveniente de um grupo de animais um pouco maiores, esse gênero evoluiu reduzindo de tamanho progressivamente. Nesse caso houve apenas pedomorfose, as espécies ocuparam nichos semelhantes aos dos musaranhos, culminando na espécie Monodelphis macae, que sem dúvida é a mais modificada de todas, com um crânio longo, olhos e orelhas muito pequenos, membros e cauda mais curtos que nas demais espécies.



Allometric Fractal Theory - Na foto crânios de Chiroptera mostrando o palato (com a redução no número dos dentes superiores como evidência de pedomorfose).



The EMBRYONIC FRACTAL has 6 TIPS: The head, the 4 members and the tail.
During the formation of the embryo, the cells of these SIX ends will develop into separate branches.
There will embryonic induction separately in each of these ends.
The tips of the limbs, with the fingers, will be produced at the end of the process.
Fingers will form in a particular order.
This order is related to the evolutionary process through paedomorphosis.
THE EVOLUTION happens on the periphery of "embryonic FRACTAL"!
It is the peripheral variation! The more peripheral is an embryonic event,
more variation will have. More will be subject to the selection!
The "phenetic" vision prevents you to SEE!

Geographical variation and even local variation between individuals are manifestations of peripheral variation of the embryo.
A simple selection in these variations can already turn, dramatically, "the phenotype" of a species.
In the genus Monodelphis, that I have studied for many years, I observed that the species are mainly a product of paedomorphosis.
Monodelphis domestica (the basal species) is the larger, and the others are all smaller in size until you reach
M. kunsi (the smallest) a paedomorphic form of M. adusta. There was a reduction in the size of the ears, tails and eyes...it is all so obvious!
The "deficiencies" related to the final steps of development of the embryos are actually "part of the peripheral variation"
... that is where things are happening ... we are evolving in many ways.
See the figure above, one of fractal tips "right there between the big toe and these two fingers
2 and 3 ".
The more terminal is a variation less interfere with the final product.
We are "it"...this is not deficiency... No ...it is Variation!
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O FRACTAL EMBRIONÁRIO possui 6 PONTAS : A cabeça, os 4 membros e a cauda.
Durante a formação do embrião as células dessas 6 extremidades se desenvolverão em ramos separados.
Haverá indução embrionária separadamente em cada uma dessas extremidades.
As pontas dos membros com os dedos serão produzidos no final do processo.
Os dedos se formarão numa determinada ordem.
Essa ordem está relacionada ao processo evolutivo através da PEDOMORFOSE.

A EVOLUÇÃO acontece na periferia do "FRACTAL embrionário"!
É a variação periférica! Quanto mais periférico for um evento embrionário mais variação terá. Mais sujeito à seleção estará!
A visão "gradista" te impede de VER! The "phenetic" vision prevents you to SEE!
Variação geográfica, ou mesmo a variação individual local, são manifestações da variação periférica do embrião.
Uma simples seleção nessas variações já pode transformar drasticamente o "fenótipo" de uma espécie.
No gênero Monodelphis, que estudei durante muitos anos, observei que as espécies são principalmente um produto de pedomorfose. Monodelphis domestica (a basal) é a de maior tamanho, e as demais são todas menores até chegar em M. kunsi (a menor de todas) uma forma pedomórfica de M. adusta. Houve redução no tamanho das orelhas, caudas e olhos é tudo muito óbvio!
As "deficiências" relacionadas aos últimos passos do desenvolvimento dos embriões são na verdade "parte da variação periférica" ...é por aí que as coisas estão acontecendo...estamos evoluindo em muitos aspectos.
Veja na figura acima, uma das pontas do fractal "bem aí entre o dedão e esses dois dedos 2 e 3".
Quanto mais terminal a variação menos interfere no produto final. Nós somos "isso aí" não é deficiência Não... é Variação!

sexta-feira, 9 de janeiro de 2015

"Characters Cloud Theory"

"Characters Cloud Theory"

"When two populations are isolated reproductively, even isolated, will continue carrying low frequency genes, that were widely exchanged between them."
This theory seeks to explain why we always need of parsimony to resolve disagreements, which often appear in phylogenetic analysis.
The methodologies are always looking for a set of unique characters, which will allow to define a given taxon.
But always end up faced with a confusing picture. At this point enters the parsimony to resolve the situation.
I have demonstrated that synapomorphies are "crutches" (even though required steps and indispensable in the construction of Phylogenies).

Also the use of parsimony is another "crutch", ie can not be used as if it were a mathematical law.
Spite of the progress that these henniguian definitions represented in the development of phylogenies.
They are far from representing mathematical laws, and should be seen only as steps in the construction of phylogenies.
Steps that may even be ruled out "a posteriori".
Working in phylogenies of Chiroptera, Marsupialia, Primates and Xenarthra, I could see that there is a continuity of characters between neighboring groups...but I'm not talking about coherent and gradual continuities.
On the contrary .... I'm talking about conflicting continuities, that could be interpreted as parallelisms or convergences .... but they are not.
According to this theory that I call "CHARACTERS CLOUD Theory":
"When two populations are separated reproductively, even after well-established,
these populations will carry low frequency genes, which may be manifested again,
giving the false impression of characters convergence.
The methodologies lead us to interpret them as convergences, but really they are not.

When I have built the Phylogeny of Eutheria, using Marsupialia as outgroup and considering it as immediate sister group, I found the same patterns presented by sister species of the genus Monodelphis or by main groups of Marsupialia.
There distributions in mosaic even in groups too far apart ...ancient, as Eutheria and Marsupialia.
We must bear in mind that when they parted, the species do not form homogeneous and distinct "TYPES" ... but instead, "genes clouds" with different frequencies.
These genetic "CLOUDS" inferred by its manifestations: the characters...they represent fragments that were continuous and after "separated" carried with them these "intermediate particles" that were already in decline for not representing the "STANDARDS" but still existing and persistent.

"Also the use of parsimony is another "crutch", ie can not be used as if it were a mathematical law.
Spite of the progress that these henniguian definitions represented in the development of phylogenies.
They are far from representing mathematical laws, and should be seen only as steps in the construction of phylogenies".



Teoria da nuvem de caracteres


"Quando duas populações se isolam reprodutivamente, mesmo isoladas, continuarão transportando genes de baixa frequência, que antes eram trocados amplamente entre elas".

Essa teoria procura explicar porque sempre precisamos da parcimônia para resolver as discordâncias, que frequentemente aparecem nas análise filogenéticas.
As metodologias sempre procuram um conjunto de caracteres exclusivos, que permitirão definir um determinado táxon.
Mas acabam sempre se deparando com um quadro confuso. Nesse ponto entra a parcimônia para resolver a situação.
Tenho demonstrado que as sinapomorfias são "muletas" (mesmo sendo etapas necessárias e indispensáveis na construção de filogenias).
Também o uso da parcimõnia é outra "muleta", ou seja, não pode ser usada com se fosse uma lei matemática.
Apesar do avanço que essas definições henniguianas representaram na elaboração de filogenias, elas estão longe de representar leis matemáticas, e devem ser encaradas apenas como etapas na construção das filogenias, Etapas que podem até ser descatadas "a posteriori".
Trabalhando nas filogenias dos Chiroptera, Marsupialia, Primates e Xenarthra, pude perceber que existe uma continuidade de caracteres entre grupos vizinhos.....mas eu não estou falando de continuidades coerentes e graduais. Pelo contrário....estou falando sobre continuidades conflitantes.
Que poderiam ser interpretadas como paralelismos ou convergências....mas que não são isso.
Segundo essa teoria que chamo de "Teoria da NUVEM de CARACTERES": "quando duas populações se separam reprodutivamente, mesmo depois de bem estabelecidas, essas populações transportarão genes de baixa frequência, que poderão se manifestar novamente, dando a falsa impressão de convergência de caracteres.
As metodologias nos levam a interpretá-las como convergências, mas realmente não são.


Quando elaborei a Filogenia dos Eutheria, usando Marsupialia como grupo externo e considerando-o como grupo irmão imediato,
encontrei os mesmos padrões apresentados por espécies irmãs de Monodelphis ou pelos grupos principais de Marsupialia.
Existem distribuições em mosaico mesmo em grupos muito afastados, antigos, como Eutheria e Marsupialia.
Temos que ter em mente que ao se separarem, as espécies não formam "TIPOS" homogêneos e distintos...mas sim, "nuvens de genes" com diferentes frequências.
Essas "NUVENS" genéticas inferidas pelas suas manifestações: os caracteres...representam fragmentos que antes eram contínuos e que depois de "separados", levaram consigo essas "partículas intermediárias" que já estavam em declinio por não representarem as "NORMAS", mas ainda existentes e persistentes.

"Evolution is expressed much better by analyzing over the species' dispersal axes than through Cladograms".

Because evolution is not dichotomous as our thinking and mental organization.


The evolution and especially the distribution of the genes is expressed by polarities that do not go off immediately in dichotomies, but remain in the resulting populations on both sides of their dispersion axes. So we have hybrids at both ends of major axis of Leopardus guttulus distribution.

We have unique characters shared at both ends of Leopardus garleppi (pampas cat) dispersion axis as well as in other species, in a sort of mosaic characters, and creating confusion in the restricted dogmatic dichotomous interpretations.

"A evolução se expressa muito melhor através de uma análise ao longo dos eixos de dispersão das espécies, do que através de cladogramas". Pois a evolução não é dicotômica como o nosso pensamento e organização mental. A evolução, e principalmente a distribuição dos genes, se expressa por polaridades que não se isolam imediatamente em dicotomias, mas permanecem nas populações resultantes de ambos os lados de seus eixos de dispersão. Por isso temos híbridos nas duas extremidades do eixo principal da distribuição geográfica de Leopardus guttulus (gato-do-mato). Temos caracteres exclusivos compartilhados nas duas extremidades do eixo de dispersão de Leopardus garleppi (Pampas Cat), assim como nas demais espécies, numa espécie de mosaico de caracteres, criando confusões nas interpretações dicotômicas restritas e dogmáticas.